你好，中国。。
哈哈哈
2023-06-30
结合自由能计算（MM/PB(GB)SA）
结合自由能计算（MM/PB(GB)SA）
1. 用途
采用MM/PB(GB)SA方法对常规分子动力学轨迹进行结合自由能计算和能量分解，暂不支持计算熵、不支持膜蛋白。
2. 预备知识
MM/PB(GB)SA
MM/PB(GB)SA
2023-06-27
分析Amber轨迹（一）
分析Amber轨迹（一）
1. 用途
分析Amber分子动力学轨迹，内容包括：RMSD、RMSF、B因子、氢键、回转半径、RDF以及距离、角度、二面角等几何指标的测量。
2. 预备知识
2.1 均方根偏差（Root Mean Squ
2023-06-27
处理Amber轨迹
【殷赋云教程】处理Amber轨迹
1. 用途
处理Amber分子动力学轨迹，方便后续分析。功能包括：轨迹合并、采样、重设时间、截取部分原子、删除水和离子、成像居中和构象叠合。
2. 预备知识
2.1 成像居中
对于包含盒子信息、采用
2023-06-27
小分子构象搜索
【殷赋云教程】小分子构象搜索
1. 概述
研究分子构象对于了解化合物结构、反应机理、能量分布等方面非常重要，在ECD/NMR计算、过渡态搜索、活性构象生成等许多计算研究中，通常是必不可少的步骤。本方案提供3种构象搜索算法以应对各种类型的
2023-06-26
ORD计算
【殷赋云教程】ORD计算
1. 前言
比旋光度或旋光色散（Optical Rotatory Dispersion，ORD）计算可用于辅助确证化合物的绝对构型。本教程以一个文献例子，介绍如何使用殷赋云平台的大方案与小工具计算ORD。
2
2023-06-25
NMR计算
【殷赋云教程】NMR计算
1. 前言
核磁共振（Nuclear Magnetic Resonance，NMR）计算可用于辅助确证相对构型或候选结构。本教程以一个文献例子，介绍如何使用殷赋云平台大方案和相关小工具进行NMR计算。
2.
2023-06-25
HOMO-LUMO计算教程（赝势）
【殷赋云教程】HOMO-LUMO计算教程（赝势）
1. 前言
本教程讲述如何使用殷赋云平台的量化计算方案及相关小工具，计算化合物的HOMO-LUMO能级。
**商业软件版权说明：**Gaussian 09为商业软件，我司只提供计算资源
2023-06-25
HOMO-LUMO计算教程（普通理论水平）
【殷赋云教程】HOMO-LUMO计算教程（普通理论水平）
1. 前言
本教程讲述如何使用殷赋云平台的量化计算方案及相关小工具，计算化合物的HOMO-LUMO能级。
**商业软件版权说明：**Gaussian 09为商业软件，我司只提供
2023-06-25
优化ECD计算图谱-Gaussian
【殷赋云教程】优化ECD计算图谱-Gaussian
1. 前言
上一篇文章《【殷赋云教程】ECD/UV计算》提到，计算的ECD图谱在250-275 nm附近缺少了一个科顿效应（Cotton Effect, CE）。本期教程将讲述如何优化
2023-06-25