1. 用途
采用ORCA 4.2程序进行量子化学计算。已实现的作业类型包括:单点能、几何优化、振动频率、ECD/UV、NMR、红外(IR)和拉曼光谱(Raman)计算。
2. 入口
平台地址:https://cloud.yinfotek.com/
功能入口:平台左侧菜单栏【计算方案】->【大方案】->【量化计算】->【量化计算(ORCA 4.2)】
3. 平台操作步骤
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上传分子结构文件
上传具有良好3D结构的分子文件,支持mol、mol2、pdb、sdf和sd格式。
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设置净电荷、自旋多重度和选择溶剂模型
此三项为统一设置,对所有分子生效。因此,上传的分子结构须电荷、自旋多重度相同,不同性质的分子结构应分别建立任务进行计算。
- 自旋多重度 = 单电子数 + 1。除了自由基、三线态氧及激发态等特殊情况,绝大多数有机化合物的自旋多重度都是1。
- 溶剂模型为预设项,须指定溶剂方有效,详见下面介绍。
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设置计算步骤
添加计算步骤,选择
作业类型
、理论水平
和溶剂
。各作业类型的含义是:- Optimization:几何优化
- Frequency:振动频率分析
- ECD/UV:ECD/UV计算
- NMR:NMR计算
- IR:红外计算
- Raman:拉曼光谱计算
- 多步骤自上而下依次执行,所有计算结果保存在同一个文件中;
溶剂
留空表示在气相环境中计算,不考虑溶剂效应。
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添加高级配置
个别
作业类型
还需额外设置。点击高级配置
栏中的【添加】,在弹出的对话框中按提示设置。例如,ECD/UV计算需要选择激发态数目,默认为30个。激发态数目越多,ECD/UV图谱覆盖的波长范围越广(从长波长到短波长),同时,计算量(时间)也越大。
又如,Rman计算需要指定入射波长,如532 nm。若需其他波长,可选择或填写。
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点击【提交】,选择支付方式,点击【确认】,提交任务。
注意:本方案为后付费模式,按每个分子的实际计算时间进行扣费,请确保账户余额足够。
1、若不清楚总费用是否足够,可先计算一个构象分子,通过【用户中心】-【费用账单】查看其实际费用,然后确定需要计算的构象分子数目和估计总费用。
2、当可用余额< 100元时会发出预警通知,发生欠费时会发出欠费通知,严重欠费时会立即终止任务。默认为短信通知,可在平台左侧菜单栏【设置】->【消息提醒】->【计算】处设置其他通知方式。
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在
文件列表
可下载所有计算文件。