1. 前言
本教程讲述如何使用殷赋云平台的量化计算方案及相关小工具,计算化合物的HOMO-LUMO能级。
**商业软件版权说明:**Gaussian 09为商业软件,我司只提供计算资源与服务,不提供安装包和版权,请用户自觉遵守软件版权相关协议。需要购买Gaussian软件请联系客服。
2. 流程图
graph LR A(准备结构) --> B(构象搜索) B(构象搜索) --> C(量化计算) C(量化计算) --> D(作图)
3. 结构信息
本次示例的化合物结构如下图。
4. 平台操作步骤
4.1 准备化合物结构
1.打开殷赋云计算平台(https://cloud.yinfotek.com/)【准备化合物结构】小工具。
2.画出或上传分子结构,并下载生成后的文件(任意一个mol2或sdf格式文件)。
含金属原子的结构,可能无法生成3d结构或生成的结构有问题,请自行准备或联系客服协助。
4.2 小分子构象搜索
1.打开殷赋云平台【小分子构象搜索】方案,创建任务,进入任务界面。
2.上传前面准备的文件,选择搜索算法,其他设置保持默认,点击【提交】任务。
含金属的化合物可能无法使用该方案搜索构象,请自行处理或跳过该步骤。
3.待任务完成后,点击【查看】,进入分析页面。勾选所需构象,点击selected下载文件。
4.3 量化计算
1.打开殷赋云平台【量化计算Gaussian 09】方案,创建任务,进入任务界面。
2.上传分子结构,按下图设置参数及计算步骤,点击【提交】任务。
设置净电荷及自旋多重度,请根据自身的化学知识判断或联系客服。
3.待任务完成,点击【查看】,进入分析页面,勾选所需文件,点击selected下载。
4.计算Energy,新建任务,再上传分子结构,按下图设置参数及计算步骤,点击【提交】任务。
5.待任务完成,点击【查看】,进入分析页面。
- 若有多个构象,且每个构象的能量比例都差不多,可以下载所有的构象进行分析。
6.点击【文件列表】,下载fchk文件。
4.4 获取能量
1.打开【GaussView】软件,按照下图操作获取能量与图片。
若多个构象进行分析,请分别作图和计算能量,最终能量取所有构象的平均值。
2.据图上所示,由于该体系为开壳层体系,因此存在两个分子轨道,即轨道和轨道,它们的HOMO能量值分别为-0.24865和 -0.24757,LUMO能量值分别为-0.06683和-0.06555,能隙分别为 gap = E(LUMO) - E(HOMO) = 0.18182和0.18202。
- 这里的单位是Hartree,文献的单位一般用eV,1 Hartree = 27.2114 eV,请注意转换单位;
- HOMO和LUMO分别指最高占据分子轨道(Highest Occupied Molecular Orbital)和最低未占分子轨道(Lowest Unoccupied Molecular Orbital)。