含共晶配体蛋白的小分子虚拟筛选（Vina）

1. 前言

本教程讲述如何使用殷赋云平台的【小分子虚拟筛选（Vina）】方案和相关小工具，对大型化合物库进行小分子苗头化合物的虚拟筛选。

2. 流程图

graph LR
A(准备受体三维结构) --> B(虚拟筛选)
B(虚拟筛选) --> C(分析结果)

3. 结构信息

受体蛋白：人Serine/threonine-protein kinase B-raf蛋白，uniprot AC号：P15056，PDB编号：5ITA

化合物库：平台自带的Enamine HTS库（约175万个化合物）

4. 平台操作步骤

4.1 准备受体三维结构

1. 打开殷赋云平台（https://cloud.yinfotek.com/)【处理PDB结构】小工具；

2. 输入PDB编号5ITA，点击【确定】；

   

3. 删除多余结构（水分子），保留蛋白和共晶配体；

   该晶体结构为同源二聚体，含有A、B两条链，各包含一个共晶配体。我们保留A链蛋白和配体，删除B链结构和所有水分子，如下图所示。

3. 点击【准备】，下载文件。

4.2 虚拟筛选

1. 打开殷赋云平台【小分子虚拟筛选（Vina）】大方案，创建任务，进入提交任务页面；

2. 上传受体文件，选择化合物库或上传配体文件；

   上传的配体文件须为处理好的三维结构，化合物数量须介于1~2万（含）。若小于1万，请使用【小分子虚拟筛选（DOCK 6.9）】方案。

   

3. 上传共晶配体或位点文件，设置盒子大小，点击【显示盒子】；

   稍等片刻，即返回盒子中心、盒子大小数据和图形。若盒子过小，调整后再试。

   

   

4. 根据需要，勾选或取消小样本测试，然后点击【提交】任务。

   小样本测试是从化合物库中随机抽取5120个化合物进行测试，由此可了解所设置的盒子是否合适、对接打分分布如何，比较多个化合物库的结构多样性和打分情况。

   

4.3 结果分析

1. 待任务完成，点击【查看】，进入分析页面；

2. 查看苗头化合物的打分数据表和分布直方图，下载文件；

   Affinity为对接打分，该值越小结合力越强。

   该表给出前100个打分最好的苗头化合物，表格下方文件包含全部（Affinity <= -7.0 kcal/mol）分子结构和打分数据。

   

   平台还给出全部结果的打分分布频率直方图，可直观了解整体打分的分布情况。

   如果是小样本测试，可根据分布图，选择合适的化合物库。例如，如果整体打分数值偏大，可能意味着该库不太适合该体系，可选择多个库中相对较好者。

   

3. 查看相互作用，分析结合模式或挑选苗头化合物；

   • 该页面给出前100个结果的结合模式；
   • 右侧可调整视图样式，右下角可切换化合物和构象。

   

4. 挑选结果。设置过滤条件，点击【确定】。

   • 若返回出错提示，表示无符合条件的化合物，可调整过滤条件再试；

• 最终结果为各条件的并集，即条件越多，符合条件的越少；
• selected-1000.sdf中的1000表示该文件包含1000个化合物。
• 在实际筛选时，建议挑选1000-10000个化合物，然后使用DOCK 6.9方案做进一步筛选。