准备多肽结构

1. 用途

从氨基酸序列生成三维结构，或上传多肽分子文件，进行能量优化，获得良好的三维结构。

注意：本功能不涉及二级结构预测，但可用该三维结构做进一步模拟计算（如，分子动力学模拟），获得二级结构。

2. 入口

平台左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【分子结构】->【准备多肽结构】

3. 步骤

1. 输入多肽结构，有两种方式：

   • 输入多肽序列

     点击氨基酸画板中的按钮，或者直接从文件读取（fasta格式文件），即在下方自动填入氨基酸序列。

   

   • 上传多肽文件

     可上传fasta格式的序列文件，让小工具从头生成三维结构；也可以上传包含原子坐标的pdb等格式的分子文件，进行能量优化。

     

2. 当选择输入序列时，需要设置氮（N）端和碳（C）端的封端方式。

   N端：NH3+指以质子化氨基（-NH$_3^+$）封端，ACE指以乙酰基（-C(=O)-CH$_{3}$）封端。

   C端：COO-指以去质子化羧基（-COO$^-$）封端，NHE指以中性氨基（-NH$_2$）封端，NME以中性甲胺（-NH-CH$_3$）封端。

   

3. 填写输出文件名，选择文件格式，点击【提交】；

4. 观察多肽三维结构，下载多肽结构文件。