本教程讲述如何使用Amber 20程序执行有机生物体系的常规平衡态分子动力学模拟。
2023-07-03
结合自由能计算（MM/PB(GB)SA）
1. 用途
采用MM/PB(GB)SA方法对常规分子动力学轨迹进行结合自由能计算和能量分解，暂不支持计算熵、不支持膜蛋白。
2. 预备知识
MM/PB(GB)SA
MM/PB(GB)SA
计算结合自由能的方法有很多，例如，热力学积分
2023-06-27
分析Amber轨迹（一）
本教程讲述如何分析Amber分子动力学轨迹，内容包括：RMSD、RMSF、B因子、氢键、回转半径、RDF以及距离、角度、二面角等几何指标的测量。
2023-06-27
处理Amber轨迹
本教程讲述如何处理Amber分子动力学轨迹，方便后续分析。功能包括：轨迹合并、采样、重设时间、截取部分原子、删除水和离子、成像居中和构象叠合。
2023-06-27
蛋白与小分子的分子动力学模拟（隐式溶剂）
1. 前言
分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟技术的一个广泛应用是研究蛋白与小分子之间的相互作用。本教程讲述如何使用殷赋云平台的大方案和小工具，实现蛋白与小分子复合物的隐式溶剂分子动力学模拟。
**在模拟开始前
2023-06-25
蛋白与小分子的分子动力学模拟（显式溶剂）
1. 前言
分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟技术的一个广泛应用是研究蛋白与小分子之间的相互作用。本教程讲述如何使用殷赋云平台的大方案和小工具，实现蛋白与小分子复合物的MD模拟。
在模拟开始前，须事先准备好两者
2023-06-25