用计算擘画未来
提取比旋光度 提取比旋光度
1. 用途 从量化计算输出文件中提取比旋光度数据。目前仅支持Gaussian 09的输出文件，格式为log或out。 2. 入口 平台地址：https://cloud.yinfotek.com/ 功能入口：左侧菜单栏【计算方案】->
2023-06-27 小工具教程
波谱分析 比旋光度
NMR回归分析 NMR回归分析
1. 用途 将计算的核磁（NMR）数据与实验数据回归分析，判断化合物结构或相对构型。 2. 特色 本工具支持电子表格在线编辑功能，支持Excel数据复制粘贴，提供详细的统计数据，高亮显示偏差较大的原子，帮助用户分析结构，判断构型。 3
2023-06-27 小工具教程
NMR 波谱分析
ECD/UV作图 ECD/UV作图
1. 用途 在线定制图谱样式，制作出版级别的高质量ECD/UV图谱。 2. 入口 平台左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【波谱分析】->【ECD/UV作图】 3. 步骤 3.1 上传图谱数据文件 文件内容为各
2023-06-27 小工具教程
ECD 波谱分析
ECD/UV拟合 ECD/UV拟合
1. 用途 将计算的电子圆二色谱（ECD）/紫外光谱（UV）与实验图谱拟合、比较，判断化合物绝对构型。 2. 特色 本工具支持多批次处理，自动拟合曲线，手动调整参数，允许随意组合构象，帮助用户排除不合理结果，获得最佳图谱。 3. 预备
2023-06-27 小工具教程
ECD 波谱分析
结合自由能计算（MM/PB(GB)SA） 结合自由能计算（MM/PB(GB)SA）
1. 用途 采用MM/PB(GB)SA方法对常规分子动力学轨迹进行结合自由能计算和能量分解，暂不支持计算熵、不支持膜蛋白。 2. 预备知识 MM/PB(GB)SA MM/PB(GB)SA 计算结合自由能的方法有很多，例如，热力学积分
2023-06-27 分子动力学方案
分子动力学
分析Amber轨迹（一） 分析Amber轨迹（一）
本教程讲述如何分析Amber分子动力学轨迹，内容包括：RMSD、RMSF、B因子、氢键、回转半径、RDF以及距离、角度、二面角等几何指标的测量。
2023-06-27 分子动力学方案
分子动力学
处理Amber轨迹 处理Amber轨迹
本教程讲述如何处理Amber分子动力学轨迹，方便后续分析。功能包括：轨迹合并、采样、重设时间、截取部分原子、删除水和离子、成像居中和构象叠合。
2023-06-27 分子动力学方案
分子动力学
光谱平滑滤波 光谱平滑滤波
1. 用途 未经处理的实验光谱常伴有大量噪音，本工具采用Savitzky-Golay（S-G）卷积平滑算法对光谱数据进行处理，可提高光谱的平滑性，降低噪音的干扰。本工具适用于电子圆二色谱（ECD）、紫外吸收（UV-Vis）、红外（IR）、
2023-06-26 小工具教程
ECD 波谱分析
小分子构象搜索 小分子构象搜索
1. 概述 研究分子构象对于了解化合物结构、反应机理、能量分布等方面非常重要，在ECD/NMR计算、过渡态搜索、活性构象生成等许多计算研究中，通常是必不可少的步骤。本方案提供3种构象搜索算法以应对各种类型的有机小分子化学结构：系统搜索（S
2023-06-26 量化计算方案
ECD 嘿嘿
ORD计算 ORD计算
1. 前言 比旋光度或旋光色散（Optical Rotatory Dispersion，ORD）计算可用于辅助确证化合物的绝对构型。本教程以一个文献例子，介绍如何使用殷赋云平台的大方案与小工具计算ORD。 2. 流程图 graph LR
2023-06-25 量化计算方案
量化计算 ORD
NMR计算 NMR计算
1. 前言 核磁共振（Nuclear Magnetic Resonance，NMR）计算可用于辅助确证相对构型或候选结构。本教程以一个文献例子，介绍如何使用殷赋云平台大方案和相关小工具进行NMR计算。 2. 流程图 graph LR A
2023-06-25 量化计算方案
量化计算 NMR
HOMO-LUMO计算教程（赝势） HOMO-LUMO计算教程（赝势）
1. 前言 本教程讲述如何使用殷赋云平台的量化计算方案及相关小工具，计算化合物的HOMO-LUMO能级。 **商业软件版权说明：**Gaussian 09为商业软件，我司只提供计算资源与服务，不提供安装包和版权，请用户自觉遵守软件版权相
2023-06-25 量化计算方案
量化计算
HOMO-LUMO计算教程（普通理论水平） HOMO-LUMO计算教程（普通理论水平）
1. 前言 本教程讲述如何使用殷赋云平台的量化计算方案及相关小工具，计算化合物的HOMO-LUMO能级。 **商业软件版权说明：**Gaussian 09为商业软件，我司只提供计算资源与服务，不提供安装包和版权，请用户自觉遵守软件版权相
2023-06-25 量化计算方案
量化计算
优化ECD计算图谱-Gaussian 优化ECD计算图谱-Gaussian
1. 前言 上一篇文章《【殷赋云教程】ECD/UV计算》》提到，计算的ECD图谱在250-275 nm附近缺少了一个科顿效应（Cotton Effect, CE）。本期教程将讲述如何优化图谱。 影响计算图谱的因素有很多，其中最大的是构象。
2023-06-25 量化计算方案
量化计算 ECD
ECD/UV计算-ORCA ECD/UV计算-ORCA
1. 前言 电子圆二色谱/紫外光谱（ECD/UV）计算已成为辅助确证化合物绝对构型的常用手段。本期教程以一个简单的例子，介绍如何使用殷赋云平台的方案工具进行ECD/UV计算。 本次使用的方案是ORCA方案，没有Gaussian版权的用户
2023-06-25 量化计算方案
量化计算 ECD
ECD/UV计算 ECD/UV计算
1. 前言 电子圆二色谱/紫外光谱（ECD/UV）计算已成为辅助确证化合物绝对构型的常用手段。本期教程以一个简单的例子，介绍如何使用殷赋云平台的方案工具进行ECD/UV计算。 2. 流程图 graph LR A(准备结构) --> B(
2023-06-25 量化计算方案
量化计算 ECD
含共晶配体蛋白的小分子虚拟筛选（Vina） 含共晶配体蛋白的小分子虚拟筛选（Vina）
1. 前言 本教程讲述如何使用殷赋云平台的【小分子虚拟筛选（Vina）】方案和相关小工具，对大型化合物库进行小分子苗头化合物的虚拟筛选。 2. 流程图 graph LR A(准备受体三维结构) --> B(虚拟筛选) B(虚拟筛选) -
2023-06-25 虚拟筛选方案
虚拟筛选
含共晶配体蛋白的小分子虚拟筛选（DOCK 6.9） 含共晶配体蛋白的小分子虚拟筛选（DOCK 6.9）
1. 前言 本教程讲述如何使用殷赋云平台的【小分子虚拟筛选（DOCK 6.9）】和【准备化合物库】大方案，以含共晶配体的蛋白为靶标，对自备化合物库进行小分子苗头化合物的虚拟筛选。 2. 流程图 graph LR A(准备受体三维结构)
2023-06-25 虚拟筛选方案
虚拟筛选
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