用计算擘画未来
蛋白与小分子的分子动力学模拟（隐式溶剂） 蛋白与小分子的分子动力学模拟（隐式溶剂）
1. 前言 分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟技术的一个广泛应用是研究蛋白与小分子之间的相互作用。本教程讲述如何使用殷赋云平台的大方案和小工具，实现蛋白与小分子复合物的隐式溶剂分子动力学模拟。 **在模拟开始前
2023-06-25 分子动力学方案
分子动力学
蛋白与小分子的分子动力学模拟（显式溶剂） 蛋白与小分子的分子动力学模拟（显式溶剂）
1. 前言 分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟技术的一个广泛应用是研究蛋白与小分子之间的相互作用。本教程讲述如何使用殷赋云平台的大方案和小工具，实现蛋白与小分子复合物的MD模拟。 在模拟开始前，须事先准备好两者
2023-06-25 分子动力学方案
分子动力学
蛋白与多肽的对接计算教程 蛋白与多肽的对接计算教程
【殷赋云教程】蛋白与多肽的对接计算教程 1. 前言 本教程讲述如何使用CABS-dock网站、殷赋云平台分子动力学方案及相关小工具，实现蛋白与多肽的对 接计算。 本次示例中，受体蛋白分别为3BP1（PDB ID : 1ABO），配体多肽
2023-06-21 分子对接方案
分子对接
蛋白与蛋白的对接计算教程 蛋白与蛋白的对接计算教程
1. 前言 本教程讲述如何使用ZDOCK分子对接软件、殷赋云平台分子动力学方案及相关小工具，实现蛋白与蛋白的对接计算。 本次示例中，受体蛋白与配体蛋白分别为CDK2（PDB ID : 3PY1）和Cyclin-A2（PDB ID : 1V
2023-06-21 分子对接方案
分子对接
主客体的分子对接（DOCK 6.9） 主客体的分子对接（DOCK 6.9）
【殷赋云教程】主客体的分子对接（DOCK 6.9） 1. 前言 本教程讲述如何使用殷赋云平台的【小分子-小分子对接（DOCK 6.9）】方案和相关小工具，实现主客体的分子对接计算。 对于环糊精这类分子，用户可从Crystallogr
2023-06-21 分子对接方案
分子对接
小分子与小分子的对接（DOCK 6.9） 小分子与小分子的对接（DOCK 6.9）
1. 前言 本教程讲述如何使用殷赋云平台的【小分子-小分子对接（DOCK 6.9）】方案和相关小工具，实现小分子与小分子的对接计算。 两个简单小分子之间可能因无法生成小球、定义口袋而无法进行分子对接计算，请考虑采用【小分子-小分子对接（
2023-06-20 分子对接方案
分子对接
含共晶配体蛋白与小分子的分子对接（Vina） 含共晶配体蛋白与小分子的分子对接（Vina）
1. 前言 本教程讲述如何使用殷赋云平台的【蛋白/核酸/多肽-小分子对接（DOCK Vina）】方案和相关小工具，实现含共晶配体的蛋白与小分子的对接计算。 2. 流程图 graph LR A(准备受体三维结构) --> B(分子对接)
2023-06-20 分子对接方案
分子对接
无共晶配体蛋白与小分子的分子对接（DOCK 6.9） 无共晶配体蛋白与小分子的分子对接（DOCK 6.9）
1. 前言 分子对接需要定义好配体的结合口袋。上一篇教程《【殷赋云教程】含共晶配体蛋白与小分子的分子对接（DOCK 6.9）》介绍了使用共晶配体定义口袋的方法。当受体蛋白没有共晶配体时，又该怎么办呢？在这种情况下，研究者应多方收集信息，尽
2023-06-19 分子对接方案
分子对接
含共晶配体蛋白与小分子的分子对接（DOCK 6.9） 含共晶配体蛋白与小分子的分子对接（DOCK 6.9）
本教程讲述如何使用殷赋云平台的对接方案和相关小工具，实现含共晶配体的蛋白与小分子的对接计算。
2023-06-16 分子对接方案
分子对接
ECD/NMR计算确证天然产物金丝桃酮A-C的绝对构型 ECD/NMR计算确证天然产物金丝桃酮A-C的绝对构型
研究人员通过NMR计算方案结合DP4+概率分析对新发现的骨架化物复杂结构进行了充分验证，为进一步的构效关系（SAR）研究提供了理论支持。
2023-06-12 案例分享
ECD NMR 天然产物
如何使用ECD/NMR解析内生真菌沉默基因簇的新型天然产物结构 如何使用ECD/NMR解析内生真菌沉默基因簇的新型天然产物结构
研究者运用NMR/ECD计算方法对新骨架化合物的复杂结构进行了充分验证，为深入了解此类化合物的生物合成机理提供了理论基础。
2023-06-09 案例分享
ECD NMR 天然产物
分子动力学在酚类-葡萄糖苷酶作用机制研究中的应用 分子动力学在酚类-葡萄糖苷酶作用机制研究中的应用
研究人员通过酶动力学、分子对接和分子动力学分析，揭示了结合态酚类物质在体外对α-葡萄糖苷酶的抑制机制。
2023-06-07 案例分享
分子动力学
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