搜索蛋白质

1. 用途

从Uniprot和RCSB PDB数据库中搜索蛋白记录，获取PDB结构。

2. 入口

平台地址：https://cloud.yinfotek.com/

功能入口：左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【分子结构】->【搜索蛋白质】

3. 步骤

1. 搜索Uniprot蛋白记录

   有两种搜索方式：

   • 简单搜索

     选择物种，输入任意关键词，点击查询图标

   

   • 高级搜索

     选择高级搜索，填写选项，点击【搜索】。

   

2. 搜索PDB蛋白结构

   从Uniprot记录表中选择符合研究实际的蛋白记录，点击【搜索PDB】。

   若已知Uniprot获取号（AC），可直接切换到【搜索PDB】页面，输入编号进行搜索。

   

3. 从PDB记录表中查找合适的蛋白结构，必要时，选择该行，点击【查看PDB】了解其结构信息，点击【下载PDB】可下载文件。

   本功能主要为分子对接、分子动力学模拟等需要蛋白质三维结构的计算工作而准备。当有多个蛋白PDB结构可供选择时，一般选择含有配体的、分辨率高（数值小）的X射线衍射晶体结构；其次，还可考虑R(free)和R(work)，选择数值较小的。通过缩略图（点击可放大）可大致直观了解蛋白结构情况（比如，是否完整，是否多聚体，是否含有核酸、配体小分子）。

   举例：假设通过实验发现某个蛋白的抑制剂小分子，拟进行分子对接计算探究其机理。

   当可选PDB结构较多时，挑选结构较为完整（可对比残基数与Uniprot记录中的序列长度）、包含活性位点（查看配体所在位置是否为预期的活性位点）、分辨率最小的晶体结构。若该结构没有配体分子，可另找有配体的晶体结构，了解共晶配体的位置（氨基酸编号）。最后，用分辨率最小的晶体结构做对接，用配体分子或了解到的位置信息定义口袋。

   注意：某种蛋白可能既有激动剂又有拮抗剂，或者含有多个配体，其中某些只是助溶剂、溶剂分子、金属配合物，要注意分辨共晶配体属于哪一类（查看标题或点击PDB编号跳转到RCSB PDB网站，查看文献摘要）。