用计算擘画未来
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分子对接方案 7 量化计算方案 10 分子动力学方案 6 虚拟筛选方案 2 小工具教程 15 案例分享 8
提取量化数据 提取量化数据
1. 用途 从量化计算主流程序（包括Gaussian、ORCA、GAMESS-US和NWChem）的输出文件中提取基本数据，如：电子能量、振动频率、原子坐标。发表文章用到量化计算时，通常需要在支持信息（Supporting Informa
2023-07-03 小工具教程
量化计算
准备Amber文件 准备Amber文件
1. 用途 为Amber分子动力学模拟准备所需的拓扑和坐标文件。支持生物大分子、有机小分子体系，暂不支持膜蛋白。 2. 预备知识 2.1 溶剂模型 通常研究的有机生物体系是在溶液（尤其是水溶液）中进行的，水对蛋白折叠、热力学性质有着极
2023-06-29 小工具教程
分子动力学
添加原子电荷 添加原子电荷
1. 用途 为有机小分子添加原子电荷，并检查是否存在Amber GAFF力场所没有的拓扑参数。本工具提供两种计算电荷的方法——RESP拟合静电势和AM1-BCC。 2. 预备知识 2.1 原子电荷 原子电荷是用点电荷形式描述化学体系电
2023-06-29 小工具教程
分子动力学
识别结合位点 识别结合位点
1. 用途 采用GHECOM等算法识别蛋白质/核酸中潜在的小分子结合位点，输出文件可用于分子对接定义口袋。 2. 入口 平台地址：https://cloud.yinfotek.com/ 功能入口：左侧菜单栏【计算方案】->【小工具
2023-06-29 小工具教程
分子结构
搜索蛋白质 搜索蛋白质
1. 用途 从Uniprot和RCSB PDB数据库中搜索蛋白记录，获取PDB结构。 2. 入口 平台地址：https://cloud.yinfotek.com/ 功能入口：左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【分子结构
2023-06-29 小工具教程
分子结构
搜索化合物 搜索化合物
1. 用途 从PubChem和ZINC 15等数据库搜索化合物结构。 2. 入口 平台左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【分子结构】->【搜索化合物】 3. 步骤 输入化合物名称、CAS号、PubChem
2023-06-29 小工具教程
分子结构
准备多肽结构 准备多肽结构
1. 用途 从氨基酸序列生成三维结构，或上传多肽分子文件，进行能量优化，获得良好的三维结构。 注意：本功能不涉及二级结构预测，但可用该三维结构做进一步模拟计算（如，分子动力学模拟），获得二级结构。 2. 入口 平台左侧菜单栏【计算方
2023-06-29 小工具教程
分子结构
准备化合物结构 准备化合物结构
1. 用途 为化合物添加氢原子、偏电荷（partial charge）、生成良好的3D结构，为后续模拟计算提供初始结构。 2. 入口 平台左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【分子结构】->【准备化合物结构】 3
2023-06-29 小工具教程
分子结构
处理PDB结构 处理PDB结构
1. 用途 处理生物大分子PDB结构：修复残基、添加氢原子、分离受体和配体（若有）、剔除多余结构（如：水分子、助溶剂）。 2. 入口 平台左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【分子结构】->【处理PDB结构】 3
2023-06-29 小工具教程
分子结构
处理PDB结构（进阶版） 处理PDB结构（进阶版）
1. 用途 检查并修复生物大分子PDB的结构问题，为分子对接、分子动力学模拟等计算提供良好的三维结构。 2. 预备知识 2. 1 PDB常见问题 大多数PDB文件或多或少存在着各种问题，在进行分子模拟时，首先需要修复这些问题，才能确保
2023-06-29 小工具教程
分子对接 分子动力学
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