1. 用途 为有机小分子添加原子电荷，并检查是否存在Amber GAFF力场所没有的拓扑参数。本工具提供两种计算电荷的方法——RESP拟合静电势和AM1-BCC。 2. 预备知识 2.1 原子电荷 原子电荷是用点电荷形式描述化学体系电

1. 用途 采用GHECOM等算法识别蛋白质/核酸中潜在的小分子结合位点，输出文件可用于分子对接定义口袋。 2. 入口 平台地址：https://cloud.yinfotek.com/ 功能入口：左侧菜单栏【计算方案】->【小工具

1. 用途 从Uniprot和RCSB PDB数据库中搜索蛋白记录，获取PDB结构。 2. 入口 平台地址：https://cloud.yinfotek.com/ 功能入口：左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【分子结构

1. 用途 从PubChem和ZINC 15等数据库搜索化合物结构。 2. 入口 平台左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【分子结构】->【搜索化合物】 3. 步骤 输入化合物名称、CAS号、PubChem

1. 用途 从氨基酸序列生成三维结构，或上传多肽分子文件，进行能量优化，获得良好的三维结构。 注意：本功能不涉及二级结构预测，但可用该三维结构做进一步模拟计算（如，分子动力学模拟），获得二级结构。 2. 入口 平台左侧菜单栏【计算方

1. 用途 为化合物添加氢原子、偏电荷（partial charge）、生成良好的3D结构，为后续模拟计算提供初始结构。 2. 入口 平台左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【分子结构】->【准备化合物结构】 3

1. 用途 处理生物大分子PDB结构：修复残基、添加氢原子、分离受体和配体（若有）、剔除多余结构（如：水分子、助溶剂）。 2. 入口 平台左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【分子结构】->【处理PDB结构】 3

1. 用途 检查并修复生物大分子PDB的结构问题，为分子对接、分子动力学模拟等计算提供良好的三维结构。 2. 预备知识 2. 1 PDB常见问题 大多数PDB文件或多或少存在着各种问题，在进行分子模拟时，首先需要修复这些问题，才能确保

1. 用途 从量化计算输出文件中提取比旋光度数据。目前仅支持Gaussian 09的输出文件，格式为log或out。 2. 入口 平台地址：https://cloud.yinfotek.com/ 功能入口：左侧菜单栏【计算方案】->

1. 用途 将计算的核磁（NMR）数据与实验数据回归分析，判断化合物结构或相对构型。 2. 特色 本工具支持电子表格在线编辑功能，支持Excel数据复制粘贴，提供详细的统计数据，高亮显示偏差较大的原子，帮助用户分析结构，判断构型。 3