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含共晶配体蛋白与小分子的分子对接（DOCK 6.9）
本教程讲述如何使用殷赋云平台的对接方案和相关小工具，实现含共晶配体的蛋白与小分子的对接计算。
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分子动力学模拟（Amber20）
本教程讲述如何使用Amber 20程序执行有机生物体系的常规平衡态分子动力学模拟。
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分析Amber轨迹（一）
本教程讲述如何分析Amber分子动力学轨迹，内容包括：RMSD、RMSF、B因子、氢键、回转半径、RDF以及距离、角度、二面角等几何指标的测量。
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处理Amber轨迹
本教程讲述如何处理Amber分子动力学轨迹，方便后续分析。功能包括：轨迹合并、采样、重设时间、截取部分原子、删除水和离子、成像居中和构象叠合。
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如何运用分子对接成功筛选减缓细胞衰老的天然产物
本篇文章是关于基于分子对接的虚拟筛选在发现下丘脑神经干细胞衰老调控的潜在靶点与天然小分子药物研究中的应用。
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分子动力学在酚类-葡萄糖苷酶作用机制研究中的应用
研究人员通过酶动力学、分子对接和分子动力学分析，揭示了结合态酚类物质在体外对α-葡萄糖苷酶的抑制机制。
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ECD/NMR计算确证天然产物金丝桃酮A-C的绝对构型
研究人员通过NMR计算方案结合DP4+概率分析对新发现的骨架化物复杂结构进行了充分验证，为进一步的构效关系（SAR）研究提供了理论支持。
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分子对接在双酚类似物和牛血清白蛋白相互作用研究中的应用 分子对接在双酚类似物和牛血清白蛋白相互作用研究中的应用
背景介绍 双酚是生产聚碳酸酯和环氧树脂等材料时使用的一大类化学品。其中，应用最广泛的双酚A（BPA）被公认为内分泌干扰物之一，具有体内、外毒性。它的类似物（如BPB、BPC、BPM、BPP、BPZ和BPAP，统称BPs）也会对健康产生负面
2023-07-04 案例分享
分子对接
分子对接在酶学性质、底物识别和催化研究中的应用 分子对接在酶学性质、底物识别和催化研究中的应用
背景介绍 淫羊藿素是临床上治疗多种癌症有效且安全的候选药物。最近，淫羊藿素的三期抗癌临床研究已经完成，临床安全性得到证实，有望成为世界上第一个治疗肝细胞癌的小分子免疫调节药物。鉴于其良好的药效和巨大的市场应用，人们希望高效生产淫羊藿素。生
2023-07-04 案例分享
分子对接
分子模拟在氟噁唑酰胺对映体选择性活性及毒性差异机理研究中的应用 分子模拟在氟噁唑酰胺对映体选择性活性及毒性差异机理研究中的应用
分子模拟在开发高效低风险农药研究领域的应用，内含ECD计算、同源模建、分子对接等多项技术的综合应用。
2023-07-04 案例分享
分子对接 ECD计算 同源建模
如何运用分子对接成功筛选减缓细胞衰老的天然产物 如何运用分子对接成功筛选减缓细胞衰老的天然产物
本篇文章是关于基于分子对接的虚拟筛选在发现下丘脑神经干细胞衰老调控的潜在靶点与天然小分子药物研究中的应用。
2023-07-04 案例分享
分子对接 筛选
ECD和分子对接在生物大分子与手性分子相互作用研究中的应用 ECD和分子对接在生物大分子与手性分子相互作用研究中的应用
背景介绍 烯康唑是一种具有两个对映体的手性三氮唑类杀菌剂，广泛应用于植物病原体的防治。手性农药对映体以镜像形式存在，具有相似的元素和结构，但可能在环境中表现出不同的行为、生物活性、毒性和代谢特征。传统方法在评估手性化合物的危害性时，将其视
2023-07-04 案例分享
分子对接 ECD计算 手性分子
提取量化数据 提取量化数据
1. 用途 从量化计算主流程序（包括Gaussian、ORCA、GAMESS-US和NWChem）的输出文件中提取基本数据，如：电子能量、振动频率、原子坐标。发表文章用到量化计算时，通常需要在支持信息（Supporting Informa
2023-07-03 小工具教程
量化计算
分子动力学模拟（Amber20） 分子动力学模拟（Amber20）
本教程讲述如何使用Amber 20程序执行有机生物体系的常规平衡态分子动力学模拟。
2023-07-03 分子动力学方案
分子动力学
量化计算（ORCA 4.2） 量化计算（ORCA 4.2）
1. 用途 采用ORCA 4.2程序进行量子化学计算。已实现的作业类型包括：单点能、几何优化、振动频率、ECD/UV、NMR、红外（IR）和拉曼光谱（Raman）计算。 2. 入口 平台地址：https://cloud.yinfotek
2023-06-30 量化计算方案
量化计算
量化计算 Gaussian 09 量化计算 Gaussian 09
1. 用途 采用Gaussian 09程序进行量子化学计算。已实现的作业类型包括：单点能、几何优化、振动频率、ECD/UV、NMR、比旋光度计算。 2. 入口 平台地址：https://cloud.yinfotek.com/ 功能入口：
2023-06-30 量化计算方案
量化计算
准备Amber文件 准备Amber文件
1. 用途 为Amber分子动力学模拟准备所需的拓扑和坐标文件。支持生物大分子、有机小分子体系，暂不支持膜蛋白。 2. 预备知识 2.1 溶剂模型 通常研究的有机生物体系是在溶液（尤其是水溶液）中进行的，水对蛋白折叠、热力学性质有着极
2023-06-29 小工具教程
分子动力学
添加原子电荷 添加原子电荷
1. 用途 为有机小分子添加原子电荷，并检查是否存在Amber GAFF力场所没有的拓扑参数。本工具提供两种计算电荷的方法——RESP拟合静电势和AM1-BCC。 2. 预备知识 2.1 原子电荷 原子电荷是用点电荷形式描述化学体系电
2023-06-29 小工具教程
分子动力学
识别结合位点 识别结合位点
1. 用途 采用GHECOM等算法识别蛋白质/核酸中潜在的小分子结合位点，输出文件可用于分子对接定义口袋。 2. 入口 平台地址：https://cloud.yinfotek.com/ 功能入口：左侧菜单栏【计算方案】->【小工具
2023-06-29 小工具教程
分子结构
搜索蛋白质 搜索蛋白质
1. 用途 从Uniprot和RCSB PDB数据库中搜索蛋白记录，获取PDB结构。 2. 入口 平台地址：https://cloud.yinfotek.com/ 功能入口：左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【分子结构
2023-06-29 小工具教程
分子结构
搜索化合物 搜索化合物
1. 用途 从PubChem和ZINC 15等数据库搜索化合物结构。 2. 入口 平台左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【分子结构】->【搜索化合物】 3. 步骤 输入化合物名称、CAS号、PubChem
2023-06-29 小工具教程
分子结构
准备多肽结构 准备多肽结构
1. 用途 从氨基酸序列生成三维结构，或上传多肽分子文件，进行能量优化，获得良好的三维结构。 注意：本功能不涉及二级结构预测，但可用该三维结构做进一步模拟计算（如，分子动力学模拟），获得二级结构。 2. 入口 平台左侧菜单栏【计算方
2023-06-29 小工具教程
分子结构
准备化合物结构 准备化合物结构
1. 用途 为化合物添加氢原子、偏电荷（partial charge）、生成良好的3D结构，为后续模拟计算提供初始结构。 2. 入口 平台左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【分子结构】->【准备化合物结构】 3
2023-06-29 小工具教程
分子结构
处理PDB结构 处理PDB结构
1. 用途 处理生物大分子PDB结构：修复残基、添加氢原子、分离受体和配体（若有）、剔除多余结构（如：水分子、助溶剂）。 2. 入口 平台左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【分子结构】->【处理PDB结构】 3
2023-06-29 小工具教程
分子结构
处理PDB结构（进阶版） 处理PDB结构（进阶版）
1. 用途 检查并修复生物大分子PDB的结构问题，为分子对接、分子动力学模拟等计算提供良好的三维结构。 2. 预备知识 2. 1 PDB常见问题 大多数PDB文件或多或少存在着各种问题，在进行分子模拟时，首先需要修复这些问题，才能确保
2023-06-29 小工具教程
分子对接 分子动力学
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